CC=g++
CFLAGS = -O3

all: getReference 
 
.c.o:
	$(CC) $(CFLAGS) $< -o $@

getReference: getReference.cc
	$(CC) $(CFLAGS) getReference.cc -o getReference

aligner: common.h aligner.h refHash.h hashGen.h refAnalyser.h KmerHash.h KmerHash.cc hashGen.cc twoLvHTAnalyser.cc refAnalyser.cc aligner.cc mainAligner.cc common.cc
	$(CC) $(CFLAGS) aligner.cc hashGen.cc twoLvHTAnalyser.cc refAnalyser.cc mainAligner.cc KmerHash.cc common.cc -o RefAnalyser

analyser: common.h analyser.h refHash.h twoLvHTAnalyser.h refAnalyser.h KmerHash.h KmerHash.cc twoLvHTAnalyser.cc refAnalyser.cc analyser.cc mainAnalyser.cc common.cc hashGen.h hashGen.cc
	$(CC) $(CFLAGS) analyser.cc twoLvHTAnalyser.cc refAnalyser.cc mainAnalyser.cc KmerHash.cc common.cc hashGen.cc -o Analyser
	
